Прямоугольник нельзя целиком поместить и заполнить квадрат без полей, обрезки или искажения. FavBundle не растягивает, поэтому показывает выбор contain/cover.
Contain сохраняет края
Contain масштабирует по меньшему коэффициенту и центрирует; пустота получает фон. Это подходит широкому знаку, который нельзя обрезать, но на 16 px он может стать слишком мелким.
Cover заполняет обрезкой
Cover берёт крупнейший центральный квадрат и отображает его во все размеры, обрезая края симметрично. Это подходит центральному символу, но может срезать текст или смещённую деталь.
Проверьте в целевом проекте
Разместите файлы по путям из HTML, отдавайте manifest с корректным типом, очистите кеш favicon и проверьте вкладки, закладки и установку. Сохраните исходник и сравните края, контраст и обрезку. Структурно корректный набор подтверждает свои байты и имена, но не одинаковый выбор и отображение во всех браузерах и ОС.